La réunion de lancement du GT MASIM a eu lieu les Jeudi 16 et Vendredi 17 Novembre 2017 à Inria Paris.
Programme
Le programme de cette réunion a consisté en une trentaine d’exposés scientifiques permettant un tour d’horizon des groupes intéressés, à un niveau essentiellement national, par les développements algorithmiques, finalisés ou amont, dans le contexte de la bioinformatique structurale.
Jeudi 16 Novembre
| 10:15-10:30 | Ouverture des journées | |
| 10:30-10:55 | Martin Weigt | LCQB UPMC |
| Interprotein coevolution: bridging scales from residues to genomes | ||
| 10:55-11:20 | Elodie Laine | Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, UMR7238 UPMC-CNRS |
| Learning about protein-molecules interactions | ||
| 11:20-11:45 | Juliette Martin | CNRS UMR 5086 IBCP Lyon |
| Interactions Protéine-Protéine et Modélisation des Macromolécules | ||
| 11:45-12:10 | Mathilde Carpentier | Atelier de Bioinformatique – YSIEB – MNHN |
| Structure et évolution des protéines à l’ABI | ||
| 12:10-13:30 | Pause déjeuner | |
| 13:30-13:55 | Gabriel Stoltz | CERMICS, Ecole des Ponts |
| Méthodes numériques pour la simulation moléculaire efficace | ||
| 13:55-14:20 | Benjamin Bouvier | CNRS / Université de Picardie Jules Verne (Amiens) |
| Biomolecular recognition from free energy simulations | ||
| 14:20-14:45 | Alexandre G. de Brevern | INSERM |
| Protein structure analysis, prediction and flexibility in the light of a structural alphabet | ||
| 14:45-15:10 | Stéphane Téletchéa | UFIP, UMR CNRS 6286, Université de Nantes |
| Biodjango, an open framework for bioinformatics publishing | ||
| 15:10-15:35 | Gwenaëlle André-leroux | INRA |
| OH1 from Orf Virus: A New Tyrosine Phosphatase that Displays Distinct Structural Features and Triple Substrate Specificity | ||
| 15:35-16:00 | Pause café | |
| 16:00-16:25 | Therese Malliavin Benjamin Bardiaux |
Pasteur/CNRS |
| Bioinformatique structurale en lien avec la biologie structurale et intégrative | ||
| 16:25-16:50 | Bruno Sargueil | Faculté de Pharmacies, Paris Descartes |
| Modélisation structurale des ARN | ||
| 16:50-17:15 | Fariza Tahi | Univ Evry, Université Paris-Saclay |
| Algorithmes pour la prédiction des structures d’ARNs avec pseudonoeuds | ||
| 17:15-17:40 | Alain Denise | Université Paris-Sud / Paris-Saclay |
| Algorithmes pour l’analyse et la prédiction des structures 3D d’ARN | ||
Vendredi 17 Novembre
| 8:30-8:45 | Accueil | |
| 8:45-9:10 | Pierre Tuffery | INSERM UMR-S 973 |
| Peptide modeling in isolation and in interaction : steps towards rational peptide design | ||
| 9:10-9:35 | Claudine Mayer | Université Paris Diderot / Institut Pasteur |
| Type IIB topoisomerase modeling | ||
| 9:35-10:00 | Marc Baaden | CNRS |
| Simulation et visualisation interactive pour cerner les structures et interactions macromoléculaires | ||
| 10:00-10:30 | Pause Café | |
| 10:30-10:55 | Samuela Pasquali | P5 |
| Development of coarse-grained models for nucleic acids and aromatic systems | ||
| 10:55-11:20 | Fabrice Leclerc | CNRS – Université. Paris 11 |
| RNA Bioinformatics | ||
| 11:20-11:45 | Yann Ponty | CNRS, Ecole Polytechnique & Inria Saclay |
| Sampling Methods for Structure Modeling and Design of RNA Secondary Structure(s) | ||
| 11:45-12:10 | Pablo Chacon | Instituto de Quimica Rocasolano |
| Multiresolution fitting: Applications & Methods | ||
| 12:10-13:30 | Pause Déjeuner | |
| 13:30-13:55 | Dave Ritchie Isaure Chauvot de Beauchene |
Inria Nancy – Grand Est |
| CAPSID – Computational Algorithms for Protein Structures and their Interactions | ||
| 13:55-14:20 | Sergei Grudinin | Inria / CNRS |
| On some methods for structural bioinformatics | ||
| 14:20-14:45 | Guillaume Postic | UPMC – IMPMC |
| Design of stable cyclic peptides for therapeutic applications | ||
| 14:45-15:10 | Pause Café | |
| 15:10-15:35 | Frederic Cazals | Inria |
| Bioinformatique structurale: sur quelques questions centrales et les solutions offertes dans la Structural Bioinformatics Library | ||
| 15:35-16:00 | Jessica Andreani | Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ. Paris-Sud, Université Paris-Saclay |
| Exploring structural interactomes in the light of evolution | ||
| 16:00-16:25 | Matthieu Montes | CNAM |
| UDock: a real-time interactive protein-protein docking software | ||
| 16:25-16:35 | Clôture des journées | |
Participants
| Gwenaëlle André-leroux | INRA |
| Jessica Andreani | Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ. Paris‐Sud, Université Paris‐Saclay |
| Eric Angel | IBISC, Univ Evry |
| Marc Baaden | CNRS |
| Benjamin Bardiaux | CNRS – Institut Pasteur |
| Dominique Barth | Laboratoire DAVID, Université de Versailles-SQ. |
| Benjamin Bouvier | CNRS / Université de Picardie Jules Verne (Amiens) |
| Alessandra Carbone | Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, UMR7238 UPMC-CNRS |
| Mathilde Carpentier | Atelier de Bioinformatique – YSIEB – MNHN |
| Frederic Cazals | Inria |
| Pablo Chacon | Instituto de Quimica Rocasolano |
| Isaure Chauvot de Beauchene | CNRS – LORIA |
| Jean Cognet | Laboratoire Jean Perrin |
| Alexandre G. de Brevern | INSERM |
| Sjoerd de Vries | Molecules therapeutiques in silico |
| Alain Denise | Université Paris-Sud / Paris-Saclay |
| Elisa Frezza | Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, UMR 8015, Université Paris Descartes, Faculté de Pharmacie DE Paris |
| Sergei Grudinin | Inria / CNRS |
| Raphael Guerois | Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CEA, CNRS, Univ Paris‐Sud, Université Paris‐Saclay, F-91198, Gif‐sur‐Yvette, France |
| Konrad Hinsen | CNRS – CBM |
| Gerald Kneller | CBM CNRS |
| Elodie Laine | LCQB |
| Fabrice Leclerc | CNRS – Université. Paris 11 |
| Audrey Legendre | IBISC – Univ Evry – Université Paris Saclay |
| Anne Lopes | Université Paris-Sud |
| Therese Malliavin | Pasteur/CNRS |
| Juliette Martin | CNRS UMR 5086 IBCP Lyon |
| Mano Joseph Mathew | CRC |
| Claudine Mayer | Université Paris Diderot / Institut Pasteur |
| Dorian Mazauric | Inria Sophia |
| Matthieu Montes | CNAM |
| Gautier Moroy | Université Paris Diderot |
| Samuela Pasquali | P5 |
| Yann Ponty | CNRS, Ecole Polytechnique & Inria Saclay |
| Guillaume Postic | UPMC – IMPMC |
| Dave Ritchie | Inria Nancy – Grand Est |
| Charles Robert | LBT/IBPC |
| Christelle Rovetta | Inria |
| Bruno Sargueil | Faculté de Pharmacies, Paris Descartes |
| Méline Simsic | Inria Sophia |
| Aicha Soussi | Universite de Lorraine |
| Aicha Soussi | Universite de Lorraine |
| Jean Marc Steyaert | Ecole Polytechnique |
| Gabriel Stoltz | CERMICS, Ecole des Ponts |
| Dirk Stratmann | IMPMC, UPMC |
| Fariza Tahi | Univ Evry, Université Paris-Saclay |
| Antoine Taly | CNRS Laboratoire de Biochimie Théorique |
| Stéphane Téletchéa | UFIP, UMR CNRS 6286, Université de Nantes |
| Pierre Tuffery | INSERM UMR-S 973 |
| Martin Weigt | LCQB UPMC |
Modalités pratiques
Lieu:
Inria Paris 2 Rue Simone IFF, 75012 Paris Salle JL Lions 1 au RDC du bâtiment C [Instructions d’accès]
Inscription obligatoire : Pour des raisons d’accès au bâtiment et de capacité limitée, les inscriptions aux journées sont obligatoires, et sont closes depuis le 6 Novembre. Vous pouvez contacter les organisateurs (Yann Ponty et Frédéric Cazals) pour vous inscrire sur la liste d’attente.
Déjeuner : Carte (Google Map) des restaurants voisins [version PDF].